基本农田由土地行政主管部门和农业行政主管部门管理。根据法律规定，各地的土地行政主管部门和农业行政主管部门按规定的职责分工，负责其行政区域内的基本农田保护管理工作。
《基本农田保护条例》第六条 土地行政主管部门和农业行政主管部门按照规定的职责分工，依照本条例负责全国的基本农田保护管理工作。 县级以上地方各级土地行政主管部门和农业行政主管部门按照本级规定的职责分工，依照本条例负责本行政区域内的基本农田保护管理工作。 乡（镇）负责本行政区域内的基本农田保护管理工作。
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