分居满两年起诉离婚的，不一定会判决离婚。因为法律规定的是夫妻因感情不和而分居满两年，调解无效后会判决离婚。如果不是因为感情不和而分居的，不一定会判离。
一、什么叫夫妻分居满两年
认定夫妻分居满两年的方式：一般来说，夫妻双方各自自行生活，不共同居住生活的时间持续了两年的时间；或者是夫妻双方不共同居住生活，不履行夫妻互相之间的义务已经经过了两年的时间，即可认定夫妻分居满两年。且如果认定是因感情不和分居满二年，经调解无效的，会依法判决离婚。
二、夫妻长期分居想离婚可以怎么做
夫妻长期分居想离婚，可以选择协议离婚或诉讼离婚。
如果双方对是否离婚、财产分割、子女抚养等都能协商一致的，可以直接到民政局申请办理离婚登记。
如果不能协商一致的，夫妻一方可以向起诉离婚。因感情不和分居满二年，是判断夫妻感情破裂的情形之一，调解无效的，应当判决离婚。
分居时间越久，准予离婚的几率越大。由于夫妻感情不和分居多年，基本上形同陌路了，继续维持婚姻关系失去意义。虽然道理是如此，但需要注意的一点是：并非分居满两年就一定会获得离婚判决。
其中还有需要法官需要考虑的因素。也就是说，即便分居已满两年，也仍然可能被法官判决不准离婚。
三、夫妻三年不在一起是否会自动离婚
夫妻三年不在一起不会自动离婚。夫妻分居几年都不会自动离婚。
在我国离婚只有协议离婚和诉讼离婚这两种方式，只要没有办理离婚登记或者被依法判决离婚夫妻无论分居了多久都不算是自动离婚。
不过如果双方是因为感情不和分居的，且分居的时间已经满两年的，则起诉离婚时可以作为认定夫妻感情破裂的标志，调解无效的会判决离婚。
【本文关联的相关法律依据】
《民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民提起离婚诉讼。
人民审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。